Бургундцы были скандинавского происхождения и обитали на юге балтийского побережья, на острове Борнгольм (Бургундаргольм в Средние Века). Остров до сих пор сохранил это название. Около 1-го века новой эры они продвинулись вниз по реке Вистуле, но под натиском гепидов мигрировали на запад к границам Римской Империи. Здесь они служили как федерати (иностранные наемники, или auxiliaries) в римской армии и основали королевство, к 5-му веку расширив свои владения вдоль Рейна, захватив Саподию (или Савойю) около Женевского озера.

После смерти короля франков Хлотаря I в 561 их королевство распалось и один из его сыновей, Гунтрам, наследовал Бургундию. Новое королевство включало, кроме земель бургундцев, Арелат, Прованс и Валле-д'Аоста (в Италии). Оно оставалось независимым, пока его не захватил майордом Австразии Карл Мартелл в 8-м веке.

В 888 Рудольф I(+912) из германского дома Гвельфов (волков) был признан королем Бургундии. Его сын Рудольф II в 931 заключил мир и союз с Гуго Прованским, наследником Босо. В 1032 Нижняя и Верхняя Бургундии были завещаны Конраду II, королю Германии и императору. Эти земли стали известными как королевство Арелат.

Герцогство Бургундия (западнее Сены) было захвачено Францией и оставалось ее частью. Ричард, граф Отон (Autun), брат Босо, был сильнейшим феодалом в этих землях. Его сын Рудольф (фр. Рауль) был избран королем Франции в 921. С приходом к власти Капетингов герцогство стало сильнейшим феодальным владением. В середине XIV века герцогство признано первым пэрством. Как герцогство, так и графство процветали в это время. Дижон стал важнейшим торговым центром. Пилигримы заходили в Отон и в 1146 основали церковь около пещер св. Лазаря. Бургундские монастыри были знаменитейшими в Европе. Клюни (основан в 910) стал центром монашеского ордена. В 1098 был основан монастырь Шато, который стал центром ордена цистерианцев.

Объединение двух Бургундий произошло в 1335. Но вскоре Франш-Конте отошло к фладрскому дому. Король Франции Иоанн II Добрый в 1363 даровал бургундские земли своему сыну Филиппу Храброму. В 1384 он наследовал от отца своей супруги, Маргариты Фландрской, Невер, Ретель, Артуа, Фландрию и Франш-Конте. Владения новых герцогов были настолько обширными, что они претендовали на королевский титул. Путем брачных союзов герцоги Бургундские завладели Нидерландами, Геннегау, Брабантом и Люксембургом.

Иоанн Бесстрашный, герцог с 1404 и сын Филиппа, вел гражданскую войну с герцогом Орлеанским и партией арманьяков. Война опустошала южные границы Бургундии в 1412-1435. Иоанн был убит в 1419, его сын Филипп III Добрый продолжал борьбу и был союзником Англии. Арраский мир 1435 был заключен между Филиппом III и королем Карлом VII.

Сын Филиппа III, последний герцог Бургундии Карл Смелый, вступил на трон по смерти отца в 1467. Он вел войну с Лотарингией и Швейцарией и был убит в битве при Нанси в 1477. Бургундские земли были разделены между Лотарингией, Швейцарией, Австрией и Францией. По Арраскому миру 1485 Франш-Конте оставалось за Францией, но в 1493 перешло к Австрии.